El funcionamiento de los molinos y de los batanes es muy similar y de hecho tienen algunos elementos en común en la maquinaria. En ambos casos el agua, con su fuerza, da movimiento a una rueda dentada, denominada rodicio. En los molinos de Mosquetín, como en la mayor parte de Galicia, los rodicios son horizontales y hacen girar las piedras de los molinos a través de un largo eje vertical de madera. Los elementos de la maquinaria en contacto con el agua se sitúan en la parte baja del edificio, una zona que se suele denominar inferno (infierno).

En el interior de la construcción está el resto de la maquinaria. Las piezas más importantes son las piedras. La piedra fija y de mayor tamaño se llama mesa o pie y sobre ella se coloca una piedra más pequeña, la capa o moa, que gira gracias a la conexión con el eje y con el rodicio.

Sobre las piedras, colgada del techo, se sitúa la moiega, que es un depósito con forma de cono invertido en el que se echa el cereal. El grano cae por el hueco que hay en la parte inferior de la moiega y pasa a un pequeño canal de madera llamado canada que lo conduce directamente hacia el agujero central de la capa. Al entrar en este orificio, u ojo, el cereal se va aplastando por el movimiento giratorio de la capa y sale convertido en harina por el extremo de las dos piedras cayendo finalmente en un depósito de madera denominado caja o tremiñado. La finura de la harina se puede regular en función de la distancia entre la capa y la mesa. Sí se quiere una harina más gruesa, debe ser mayor a separación entre las piedras y sí se prefiere más fina o munda, habrá que aproximarlas. Esta operación se hace a través de una pieza llamada aliviaduira, la cual levanta o baja el rodicio.