O funcionamento dos muíños e dos batáns é moi similar e de feito teñen algúns elementos en común na maquinaria. En ámbolos dous casos a auga coa súa forza dá movemento a unha roda dentada, denominada rodicio. Nos muíños do Mosquetín, como na maior parte de Galicia, os rodicios son horizontais e fan xirar as pedras dos muíños a través dun longo eixo vertical de madeira. Os elementos da maquinaria en contacto coa auga sitúanse na parte baixa do edificio, unha zona que se adoita denominar inferno.

No interior da construción está o resto do aparello. As pezas máis importantes son as pedras. A pedra fixa e de maior tamaño chámase mesa ou pé e a sobre ela colócase unha pedra máis pequena, a capa ou moa, que xira grazas á conexión co eixo e co rodicio.

Sobre as pedras, pendurada do teito, sitúase a moiega, que é un depósito con forma de cono invertido no que se bota o cereal. O gran cae polo oco que hai na parte inferior da moiega e pasa a unha pequena canle de madeira chamada canada que o conduce directamente cara ao burato central da capa. Ao entrar neste orificio, ou ollo, o cereal vaise esmagando polo movemento xiratorio da capa e sae convertido en fariña polo extremo das dúas pedras caendo finalmente nun depósito de madeira denominado caixa ou tremiñado. A finura da fariña pódese regular en función da distancia da capa con respecto da mesa. Si se quere unha fariña máis grosa, debe ser maior a separación entre as pedras e si se prefire máis fina ou munda, haberá que aproximalas. Esta operación faise a través dunha peza chamada aliviaduira que levanta ou baixa o rodicio.